O porto de São Sebastião é administrado pela Companhia Docas de São Sebastião, vinculada à Secretaria de Estado dos Transportes de São Paulo. A empresa exerce também a função de Autoridade Portuária. Está na área considerada a terceira melhor região portuária do mundo.
O Centro de Previsão de Tempo e Estudos Climáticos - CPTEC, é vinculado ao Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais - INPE, do Ministério da Ciência e da Tecnologia.